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城市排污入湖河流作为连接湖泊流域'源'(陆地)-'汇'(湖体)的廊道，其水生态系统健康状态是对流域上游陆地生态系统土地利用/覆被变化的响应，而其下游水质污染因子则因流域分水线的封闭性，可以表征上游土地利用/覆被变化对入湖河流水生态系统健康的影响，因此，利用水生生物指标识别入湖河流水质污染因子及其空间分布特征，对于整个湖泊流域的水生态系统健康恢复和水环境污染总量控制就显得尤为必要。



天然水体受到污染后，进入水体的污染物质的浓度随着时间的推移和空间位置的变化而自然降低，这种作用称为水体的自净作用。自然界各种水体本身都有一定的自净能力，污染物质进入水体后，立即产生两个互相关联的过程，一是水体污染，一是水体自净。若污染物质经过水体自净作用，部分或完全恢复到原来状态，这就叫做净化；若污染作用超过水体自净能力，则水质就会恶化。因此，水质是否恶化，要视污染过程与自净过程的强度而定，它们又与污染物性质、污染物大小和受纳水体状况及它们之间的相互作用有关。



环境保护包含至少三个层面的意思：对自然环境的保护防止自然环境的恶化。包括：对青山、绿水、蓝天、大海的保护。这里就涉及到了不能私采滥伐（树）、不能乱排（污水）乱放（污气）、不能过度放牧、不能过度开荒、不能过度开发自然资源、不能破坏自然界的生态平衡等等。对人类居住、生活环境的保护使之更适合人类工作和劳动的需要。这就涉及到人们的衣、食、住、行、玩的方方面面，都要符合科学、卫生、健康、绿色的要求。这个层面属于微观的，既要靠公民的自觉行动，又要依靠的政策法规作保证，依靠社区的组织教育来引导，要工农兵学商各行各业齐抓共管，才能解决。



村镇污水主要由生活污水和农业废水组成。生活污水成分比较固定，主要含有碳水化合物、蛋白质、氨基酸、脂肪等有机物，比较适合于细菌的生长，成为细菌、病毒生存繁殖的场所；但生活污水一般不含有毒性，且具有一定的肥效，可用来灌溉农田。农业废水的成分则多种多样，不同的季节，不同的地方，不同发展目标的村镇，其废水需要用不同的处理方法。在处理污水时，为减小污水排放量及其复杂程度，应结合国家正在大力推广的沼气池建设，将生活用水中的冲厕用水(黑水)和其他生活用水(灰水)分开。