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植物营养物质污染及危害生活污水和某些工业废水中，经常含有一定量的氮和磷等植物营养物质；施用磷肥、氮肥的农田水中，常含有磷和氮；含洗涤剂的污水中也有不少的磷。水体中过量的磷和氮，为水中微生物和藻类提供了营养，使得蓝绿藻和红藻迅速生长，它们的繁殖、生长、，引起水中氧气大量减少导致鱼虾等水生生物、水质恶化。这种由于水体中植物营养物质过多蓄积而引起的污染，叫做水体的“富营养化”。这种现象在海湾出现叫做“赤潮”。



城市排污入湖河流作为连接湖泊流域'源'(陆地)-'汇'(湖体)的廊道，其水生态系统健康状态是对流域上游陆地生态系统土地利用/覆被变化的响应，而其下游水质污染因子则因流域分水线的封闭性，可以表征上游土地利用/覆被变化对入湖河流水生态系统健康的影响，因此，利用水生生物指标识别入湖河流水质污染因子及其空间分布特征，对于整个湖泊流域的水生态系统健康恢复和水环境污染总量控制就显得尤为必要。



灰水用自然净化系统处理，黑水以及人畜粪便经厌氧沼气池处理，不但可以降低污水的排放量、复杂程度和处理费用，而且对发展农村清洁新能源，保护人居环境、促进农村经济社会的可持续发展等具有重要的意义。污水处理站的作用是对生产、生活污水进行处理，达到规定的排放标准，是保护环境的重要设施。工业发达国家的污水处理站已经很普遍，而我国村镇的污水处理站很少，但今后会逐渐多起来。要使这些污水处理站真正发挥作用，还需要靠严格的排放制度、组织和管理体制来保证。